El origen de la actual bodega se remonta a 1932, cuando comenzó la elaboración de vinos en una bodega típica de la parte antigua de Haro, la capital de la Rioja Alta. 40 años más tarde, Isaac Muga Martínez compró un caserón del siglo XIX en el emblemático Barrio de la Estación de esa ciudad. Al poco, en 1969, murió y fueron sus hijos Manuel e Isaac, los encargados de tomar las riendas del negocio familiar, al que hoy se han incorporado los hijos de éstos.

En sus cerca de 25.000 metros cuadrados todo gira alrededor del roble. Bodegas Muga dispone de cuatro salas de fermentación con 90 tinas de madera cuyas capacidades varían desde los 3.000 hasta los 15.000 kilos de capacidad. Gracias a este amplio abanico de posibilidades se pueden vinificar individualmente las uvas en función de su calidad y viñedo de procedencia. Bodegas Muga es una de las pocas bodegas españolas que dispone de su propia tonelería. Tres toneleros y un cubero se encargan de trabajar la madera de roble.